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Justo cuando Michael Bay terminaba de rodar "Transformers 2: La venganza de los caidos" ya dejaba caer que este filme tendria continuación y la saga se convertiría en trilogia, es más, en el blu ray del filme ya se encontraba un extra donde loa afirmaba tajantemente. Sería concretamente el 1 de octubre de 2009 cuando Michael Bay reveló que la tercera parte de "Transformers" ya había entrado en pre-producción y que su estreno sería el 1 de julio de 2011. El rodaje quedó previsto para mayo de 2010 en lugares tan dispares como Chicago y Moscú. El presupuesto para esta nueva entrega subiría hasta los 250 millónes de dólares, superando los 150 de la primera y los 200 de la segunda.
Siguiendo con las fechas cronológicas del proyecto fue el 6 de octubre de 2010 cuando se confirmaba el título oficial "El lado oscuro de la Luna".
El director ha afirmado en numerosas entrevistas que ha realizado que esta tercera entrega será la última que cuente con él en la dirección pero que ello no quiere decir que sea el final de la franquicia debido en parte a la alta rentabilidad podría ser continuada o reiniciada con un reboot.
El planeamiento del rodaje de esta entrega se llevaría acabo en la ciudad de Los Angeles por un periodo de seis semanas mientras que después la producción viajaría por ciudades como Washington DC, Texas, Florida, Chicago, China y paises como África o Rusia entre otros lugares.
En el rodaje hubo algún que otro problema, concretamente tuvo un retrasó cuando cuando un extra resultó gravemente herido durante una maniobra. El accidente ocurrió cuando un cable de acero se quebró de un coche remolcado, debido a una soldadura mal colocada, llegando al parabrisas del coche y finalmente al Craneo del Extra. El extra, identificado como Gabriela Cedillo, tuvo que someterse a una cirugía cerebral. La lesión ha dejado a su permanente daño cerebral, parálisis en el lado izquierdo y su ojo izquierdo con costura cerrada. Como resultado, Paramount asumió la responsabilidad por el accidente y decidió cubrir todos los gastos médicos incurridos por Cedillo. A pesar de ello la familia Cedillo presentó una demanda, que cita siete cargos de negligencia contra la Paramount, DW Estudios y varios otros acusados (sin incluir a Bay), con daños totales buscado en exceso de 350.000 dólares EE.UU. El resultado de la demanda en última instancia, despejó el estudio de la responsabilidad ya que todas las medidas de seguridad estaban en su lugar, y consideró que fue un accidente fortuito.
Otro contratiempo que sufrió la producción se desarrollaría durante el rodaje de una escena de persecución en la calle 3 y Maryland Avenue, SW, Washington, DC una Policía Metropolitana Unidad K9 SUV golpeó el camaro Bumblebee que protagoniza la película. La zona había sido cerrada por la policía de DC, y no está claro por qué la camioneta aparecio en ella. Los dos pilotos resultaron ilesos,,[9] pero el Camaro fue severamente dañado.
En cuanto a los personajes que integran la película decir que algunos de los autobots han sufrido algunas modificaciones visuales para esta película. Optimus Prime ha sido modificado para parecer más heróico, como en la serie G1, recibiendo un remolque similar a su homólogo G1, Bumblebee fue modificado para parecer más maduro, su modo alterno con un kit de carrocería nueva y trabajo de pintura, Ratchet ha sido pintado de verde y blanco y Sideswipe se ha actualizado a una Corvette Centennial Convertible. Se ha confirmado que no aparecera Jolt el autobot que aparecio en la segunda película ayudando a fusionar a Optimus Prime y JetFire
En cuanto al reparto humano volvemos a encontrarnos con Shia LaBeouf, Tyrese Gibson, Josh Duhamel y Ramón Rodriguez junto a la incorporación de la modelo de Victoria Secret's Rosie Huntington-Whiteley.
La filmacion terminó oficialmente el martes 9 de noviembre del 2010.